合理的舰队配置是决定战斗胜负的关键因素之一。根据不同的战斗需求和战略目标，可以组建多种类型的舰队。主力接战队是最常见的配置，这种舰队需要能抗能打，通常前排选择奇美拉巡洋舰，8艘拉满需要160指挥值，中排和后排则需要有输出能力的舰船，比如基础型号的卡利斯托是不错的对巡洋舰杀手，满编8艘同样占用160指挥值。剩下的80指挥值可以根据敌方舰载机数量来决定是否补充防空能力，比如用4艘光锥级填补缺口。
输出舰队是另一种重要配置，它的职责很简单，就是输出拉满不考虑生存。因为游戏的首支舰队接战规则决定了只有先接触的舰队会受到伤害，所以输出舰队可以专注于火力。前排最佳选择是艾奥，满编8艘占用144指挥值，斗牛10艘占用80指挥值，中排红宝石10艘占用50指挥值，后排刺水母10艘占用60指挥值。剩下的66点指挥值可以带上AC721载机型加护航艇或者谷神星加战机，凑满指挥值即可。增援方面可以选择大帝或者风暴来增加输出。
高速抄家舰队专门用于拆对方前哨站和采矿平台，讲究的是高移动速度和灵活性。可用的攻城型战舰有诺玛M470加云海级，满配之后拆前哨站时可以搭配FG3000这些移动速度快的护卫舰快速完成任务。如果要拆中级或高级采矿平台，则需要一队满编的驱逐舰来配合。这种舰队的核心思路是利用速度优势在星图上灵活游走，给对手制造麻烦。
在配置舰队时还需要注意几个基本原则：舰队的移动速度取决于当前舰队最慢的舰船，所以不要因为加入一两艘慢速舰船而拖累整体速度；战巡和航母会占用很高的指挥值，最好采用增援的方式进入舰队；防空类舰船应该根据敌方配置决定是否加入，通常推荐放在输出舰队中针对敌方航母；维修船在游戏后期作用有限，不如换成输出舰船。
对于新手来说，前期1-4级基地阶段只能造小型舰船，这时候的配置应该以少量抗伤舰船配合更多输出舰船为主。可以选择前排抗伤强的舰船如FG300装甲型，配合S级输出舰船。如果有条件可以带一些奶船做到无损打怪。随着基地等级提升，舰队配置会越来越复杂，但核心思路始终是根据战略意图和战场环境灵活调整。
